Nel 1889 venne aperto a Livorno l'Archivio storico cittadino, in cui trovarono spazio i fondi reperiti da Pietro Vigo, incaricato dal sindaco di fondare un archivio sulla storia livornese. Questo patrimonio iniziale arrivò a comprendere tutto il materiale archivistico di produzione locale: da quello degli uffici periferici degli Stati toscano e italiano a quello delle altre amministrazioni pubbliche, a quello infine di provenienza privata, e fu alla base della nascita dell'Archivio di Stato di Livorno, istituito come sezione nel 1941 e divenuto archivio di Stato a seguito del dpr 30 settembre 1963 n. 1409. L'acquisizione nel corso degli anni di altri fondi, e la conseguente presenza di un patrimonio documentario sempre più articolato e strutturato, ha reso necessaria dal 1985 la conservazione suddivisa in due sedi; attualmente, dopo la chiusura nel 2004 della sede sussidiaria e in attesa del completamento dei lavori di ristrutturazione della nuova sede, una parte del patrimonio è conservato in un magazzino di custodia a Perugia. La biblioteca annessa all'Istituto, specializzata in storia e nelle discipline ausiliarie della ricerca storica, possiede una ricca sezione di storia locale; particolarmente curati sono gli aggiornamenti di storia marittima e commerciale - con prevalenza riguardo al porto cittadino e dei paesi con i quali questo ha avuto relazione - e di storia delle varie comunità, ebraica, armena, olandese, inglese ed altre che hanno contribuito allo sviluppo socio economico e politico della città di Livorno.